Từ năm 1999, bảo tàng Cluny trở thành bảo tàng quốc gia. Nhờ chính sách sưu tầm, số lượng hiện vật của bảo tàng tăng lên. Ngày nay, Cluny sở hữu 23 ngàn hiện vật, trong đó khoảng 2300 được trưng bày trên diện tích 2000 m²[2]. Các hiện vật của Cluny trải dài từ thời kỳ Gaule-La Mã tới thế kỷ 16, bao gồm điêu khắc Gothic, kính ghép màu, đồ kim hoàn, ngà voi, thảm, đồ dệt, các vật dụng hàng ngày thời Trung Cổ...

Năm 2005, bảo tàng đón 291.000 khách viếng thăm[2]. Bên cạnh chức năng bảo tàng, Cluny còn tổ chức các hội thảo, hòa nhạc, xưởng nghệ thuật...